我院法医专业由安徽省卫生厅1986年3月批准设置，1987年经安徽省教委批准招收5年制法医学本科生，授医学学士学位，并成立法医学系；2007年学院机构调整，法医学系、口腔医学系、预防医学等5各专业组建医学三系；2013年7月成立法医学院。我院法医学专业于2008年被安徽省教育厅授予省级特色专业，2010年被国家教育部、财政部授予国家级特色专专业。我院法医专业除培养法医专业本科生以外，尚承担法医学硕士研究生培养（1999年具有硕士学位授予权），非法医专业人员的岗前培训。
法医学院设有法医病理学、法医物证学、法医学三个教研室,一个中心实验室。为服务社会，2003年成立皖南医学院司法鉴定中心。
目前法医学院师资队伍雄厚，教师学缘结构合理力，承担主要教学任务的年轻教师均具有硕士以上学历。
法医学院在南校区现有2320平米的三层教学用房，基本满足了法医学专业检案、科研、实验的需要，拥有DNA测序仪、气质联用仪、图像分析仪的大型科研、教学、检案等先进设备。
法医学院的在校学生来自全国各地，招生以安徽省内为主。一批批勤奋好学、立志报国、服务社会、献身警界的热血青年投身于法医事业的队伍中。本着做“有理想、有道德、有文化、有纪律”的人生信念，坚持“德、智、体、美”全面发展的综合要求，法医专业的学生在校内各项活动中积极表现，各方面能力得到综合提高。毕业走上社会他们积极发挥专业优势，勤奋、踏实，在社会及单位领导的高度赞誉中,也为母校争得了荣誉。
无论是在厚重历史的老校区还是在风景如画的新校区，法医学院一如既往的按照国家教育部专的办学要求，坚持科学﹑严谨、一丝不苟的工作态度，积极探索法医专业的办学模式，严谨治学，继续培养能熟练掌握现代医学基本知识和法医专业技能，能够服务于安徽和周边省市人民，能够胜任于各级各类公、检、法、司各级机构的法医鉴定要求，能适应社会主义市场经济需求的各类高级专门人才。
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