皖南医学院基础医学院的前身是基础医学部（简称基础部），始建于1986年，2013年4月更名为基础医学院。
目前，学院拥有12个教研室（人体解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学、病理解剖学、病理生理学、微生物学与免疫学、寄生虫学、药理学、医学生物学、医用物理学、医用基础化学）、2个实验教学中心（机能学实验中心、形态学实验中心）、6个科学研究机构（定量药理研究所、蛇毒蛇伤研究所、医学遗传研究室、发育生物学研究室、医学蜱螨研究所、优生优育研究室）、1个一级学科硕士学位授予点（基础医学）、7个二级学科硕士学位授予点（药理学、病理学与病理生理学、病原生物学、生物化学与分子生物学、中西医结合基础、免疫学、人体解剖与组织胚胎学）、7个省精品课程（病理生理学、医学免疫学、医学微生物学、药理学、人体解剖学、人体寄生虫学、生物化学与分子生物学）、1个省级重点学科（病原生物学）、4个校级重点学科（病原生物学、病理生理学、医学免疫学、药理学）、1个国家中医药管理局三级实验室（中药药理实验室）、2个省级实验教学示范中心（机能实验中心、病原生物学实验中心）、3个省级教学团队（药学教学团队、人体寄生虫学团队、医学免疫学教学团队）。
学院现有教职工147人，其中专任教师116人；教授、副教授57人、讲师45人；全国优秀教师2人、省教学名师1人、省模范教师2人、省级教坛新秀5人；具有博士31人，硕士80人，硕士以上学历者占教师总数75.51%。承担着全校各专业层次包括硕士研究生、本专科生理论和实践教学任务。
近30年来，学院在校党政领导的关心和支持下，一直坚持以教学质量为核心，严谨治学，为培养社会需要的高层次医学人才作出了积极的贡献。
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