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乙脑是人畜共患的自然疫源性疾病。人和动物感染乙脑病毒后，可发生病毒血症，成为传染源。其中猪是乙脑主要传染源及中间宿主。蚊虫是乙脑主要传播媒介。流行区的小儿为易感人群，非流行区任何年龄人群均对本病易感，以隐性感染最为常见，感染后可获持久免疫力。
病人多为10岁以下小儿。夏秋季流行，呈高度散发性，与气温、雨量和蚊虫滋生密度高峰有关。
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