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尿结石的形成有“结石几乎是浓缩尿液的缩影”之说。从中医而论，其病因有外邪人侵、七情内伤、禀赋不足等因素，其病理则主要有下焦湿热、肾气虚怯、气结血瘀三方面的因素。
下焦湿热 湿热之邪，既可由外界之湿热入侵下焦所致，也可由七情郁结化火所致，或因膀胱水府积湿蓄热而致蕴结不化。下焦湿热之蕴结，不仅阻碍了肾脏之气化，使肾之开阖失司，且可使尿液熬炼浓缩，从而形成砂石。所以下焦湿热虽可内生，但对本病而言，尚是致病的外在因素。
肾气虚怯 肾为水脏，主水之开阖，膀胱为州都之官，储藏尿液，仗肾之气化而排放。肾虚则膀胱气化不利，虚寒内生，寒则凝固，水性属寒，寒凝停滞，水湿内聚，且因肾气不足，尿中败浊也不能随之排泄，寒水与尿中杂质相合，而致形成结石，故肾虚是本病形成的内在因素。
气结血瘀 气结血瘀是本病的主要病机，其既可以是结石的成因，也可以是结石形成后的病理变化。凡腰肾损伤，嗜服丹药，或含有多量草酸盐、钙、镁等元素的饮用水，以及情志抑郁等因素，均可导致气滞血瘀。郁久化热，热移下焦，使尿液受其煎熬，日久结为砂石。
结石形成之后，盘踞于肾、膀胱、尿窍等处，致使尿路疏泄不畅，膀胱气化不利，进一步加重气滞，水道壅塞难行。结石既可增大，又可诱发嵌顿，由气滞而致血瘀，病位主在肾与膀胱，晚期则可影响心脾，甚则波及全身。
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