会计电算化档案的保管是重要的会计基础工作。计算机替代手工记账后，会计档案增加了新的内容。例如，存有会计数据的磁性介质，与源程序有关的文件资料等。因此，在电算档案管理制度中，对电算化会计资料的范围、存贮方式、存放环境、借阅会计档案等都有相应的管理制度。实施电算化后应加强对会计电算化档案的管理。基本方法是：
（l）确定管理范围。电算会计档案内容主要包括本单位各种会计凭证、会计账簿、会计报表、财务计划、单位预算和重要的经济合同、开发设计说明书，以及源程序文件、用户操作规程及使用手册、电算化会计科目及科目代码表、会计报表格式、报表取数公式、自动转账公式及其他计算公式、检验公式等，存贮于磁性介质上的会计数据、程序文件及其他会计资料。
（2）制定管理措施。与手工方式一致，电算化方式生成的证、账、表等会计档案，应按规定立卷归档保管。其保存期限应按照《会计档案管理办法》（1998 [财会字]132号），"会计档案保管期限表"中所列的保存期限进行管理。会计相关职能部门应紧密配合，确认合法的会计档案内容，制定严格管理措施。
（3）磁性介质的管理。存贮于磁性介质上的会计资料，在未打印成书面资料前要妥善保管，并制定科学合理的单位内部会计电算化会计资料保存期限。在单位内部电算档案管理制度中，必须明确备份数据的时间间隔。备份盘也要定期复制，以防止磁性介质老化等技术问题导致数据损坏或丢失，提高电算化会计资料保存的安全系数。
（4）会计档案存放要求。电算化会计资料存在于磁性介质中，所以对电算化会计档案资料的存放，要求做到防火、防潮、防尘、防热、防磁、防冻。重要的会计数据应双备份，并分别存于两个以上不同的地点。会计数据的备份盘，应对标号方法进行统一规定，列入档案管理制度的书面文件。备份盘应贴写好保护标签，存放于铁皮保存柜中。按财政部要求，大中型企业应采用磁带、光盘、微缩胶片等介质存储数据，尽量少用软盘存储会计档案。
（5）开发资料管理。会计电算化系统开发的全套文档资料视同会计档案进行管理。其保存期限截至该系统停止使用或有重大更改后的第五年。
此外，电算化档案的借阅、书面资料的装订、病毒检测间隔周期等，也应根据具体情况制定相应的管理制度。