申请本科毕业，毕业论文成绩不能少。每年申请毕业时，都会有一些还未撰写毕业论文的本科段考生就急于申请毕业，进入毕业申报系统后才发现自己尚未满足申报条件，原因就是没有毕业论文成绩。有些考生甚至因此错过了同期举行的毕业论文申报。凡本科按现行考试计划要求全部课程成绩合格的考生才可申请毕业，而所谓“全部课程”既包括笔试、非笔试、实践环节考核、实验、口试等课程，也包括毕业论文及设计。没有毕业论文成绩或毕业论文成绩不合格将不能申请毕业。因而本科段考生申请毕业前需先申报本科毕业论文及设计。专科段部分专业的考生也需要申报毕业考核。
此外，有些考生还要视个人情况办理相关手续后才能申请毕业。如考生用PETS成绩代替英语公共课成绩，或用本科毕业证申请相关公共课程免考等，需要提前办理免考手续，审核时交验免考证明。高职大专院校专科毕业生报考自考本科要在申报毕业前办好专接本手续。以上相关手续可于考生接待日到北京教育考试院一层接待大厅办理，6月8日之前，考试院自考办每周一至周四接待考生(节假日除外)，6月8日到15日考试院自考办将连续接待考生，周六、日不休息。此外，用自考课程代替应用技术考试课程成绩的考生，要自行在网上打印成绩单，以备审核时交验。
除相关手续外，考生在申报毕业时还需填写自我总结，北京教育考试院相关负责人建议，考生可在申报开始前提前用Word把简历写好，网上申报时直接粘贴。简历按时间顺序由远到近，从高中开始填写，数字在英文半角状态下录入，时间间隔横杠用小键盘上的减号。自我总结不得超过500个汉字。